Ce film est en quelque sorte la conclusion des aventures de Sakura, l'action se déroule plusieurs mois après la fin du dessin l'anime.
Le calme est revenu à Tomoeda et toute la ville est en effervescence pour le festival Nadeshiko (festival des oeillets). La classe de Sakura répète une pièce qu'elle jouera le soir du festival. Cependant Sakura regrette de ne pas avoir pu avouer ses sentiments à Lionel avant que ce dernier ne reparte pour Hong-Kong. Mais ce qu'elle ignore, c'est que Tiffany a invité Lionel et Stéphanie à venir pour les vacances d'été.
Après d'émouvantes retrouvailles, Sakura essaye à maintes reprises de faire sa déclaration, toujours interrompue par un événement imprévu... Préoccupée par ses histoires de coeur, elle ne remarque pas tout de suite que les Sakura Cards disparaissent une à une, et que peu à peu la ville se désintégre... Lorsqu'elle prend conscience du danger, Sakura se rend compte qu'il s'agit d'une carte de clorw, The Nothing qui possède une grande force négative (égale à celle des 52 autres cartes) et qui a pour but de rendre aux choses leur aspect originel en faisant tout disparaître. Le seul moyen de vaincre cette carte est de la transformer en Sakura Card, mais pour cela, Sakura doit renoncer à son sentiment le plus fort (c'est à dire son amour pour Lionel). Cette dernière s'interroge sur ce qu'elle doit faire, mais Shaolan l'encourage à vaincre la carte.
Le soir de la représentation (Sakura et Lionel interprètent les rôles principaux, le prince et la princesse), la carte fait disparaître le public, la scène et tous les amis de Sakura les uns après les autres. Lionel tente de l'affaiblir à l'aide de sa magie, mais la Clow Card continue à prendre les Sakura Cards, jusqu'à la dernière... Alors que tout semble perdu, les Sakura Cards protégent Sakura et cette dernière parvient à raisonner la Clow Card, pour finalement la changer en Sakura Card. Tout rentre finalement dans l'ordre et Sakura en profite pour déclarer sa flamme à Lionel, même si elle sait qu'il a à présent oublié ce qu'il ressentait pour elle.
